Durante toda la primavera y el verano de 1606 el gobernador español Alonso García Ramón armado con refuerzos traídos desde Mendoza, Buenos Aires y Lisboa contaba con más de 1.000 soldados, considerándose lo suficientemente poderoso como para organizar una campaña de conquista definitiva ya que contaba con el apoyo de la Corte de España.
El 15 de enero García Ramón partió su campaña con 1.200 soldados y 500 yanaconas, dividió sus fuerzas en dos columnas, la primera de 500 hombres al mando del coronel Pedro Cortés y el maestre de campo González de Nájera marchó por la costa, atacando a los rebeldes de Arauco y Tucapel para volver al valle central a Purén para reunirse con el gobernador. La segunda columna dirigida por el mismo gobernador y el maestre de campo Diego Bravo de Saravia contaba con 600 tropas y recorrió el valle central hasta el punto de reunión.
En ambas marchas los mapuches presentaron poca resistencia, retrocediendo a zonas boscosas, montañosas o pantanosas, ante esto las tropas españolas se limitaron al saqueo y el pillaje.
Solo Pedro Cortés encontró batalla en el valle de Elicura tras recorrer la zona de Tucapel. Por el lado del gobernador, cerca de 150 yanaconas que acompañaban su columna lo traicionaron y dejaron solo matando al jefe Nabalburí que había dado muestras de sometimiento.
El 2 de febrero ambas fuerzas se reunieron en Purén cuando llegó la columna de Pedro Cortés, el gobernador ya había llegado el día 30 de enero. García Ramón sabía que en los vados de Purén y Lumaco se refugiaban miles de guerreros con 200 cautivos, sin embargo, no logró liberarlos ni por medio de las armas ni por el intento de intercambiarlos o comprarlos.
En sus intentos lanzó varios ataques en la zona del río Cautín y donde estaban las ruinas de La Imperial y Villarrica, por esto tomó la decisión de fundar el fuerte de San Ignacio de la Redención de Boroa que durante la construcción sufrió dos feroces ataques, los nativos esperaron que la tropa principal saliera para hacer su ofensiva nocturna, en ambos casos fueron rechazados gracias a la acción del sargento mayor Diego Flores de León.
Tras esto, el gobernador volvió a la ofensiva pero en la orilla norte del río Colpi fueron emboscados y derrotados el 2 de abril, muriendo los capitanes Juan Sánchez Navarro y Tomás Machín.
Con el invierno ya volvió al norte llegando a donde se encontraba la ciudad de Angol, allí al inicio de su campaña había fundado un fuerte a cargo del capitán Núñez de Pineda, este a fines de marzo solicitó refuerzos, unos 150 hombres al mando del capitán Antonio de Villarroel fueron enviados desde Concepción, cuando estaban cerca de Angol tuvieron que pasar por un estrecho paso donde la retaguardia formada por reclutas novatos traídos desde México fue emboscada y derrotada, sufriendo 20 bajas incluidos dos oficiales.
Tras esto las comarcas de Angol y Tucapel se rebelaron y los españoles se vieron forzados a despoblar el fuerte dejando aún más aislado al de Boroa, la rebelión indígena empezó a extenderse en diversos lugares.
Desastre de Boroa - 1606
En Boroa, el maestre de campo Juan Rodulfo Lísperguer fue el único comandante español que quiso a quedarse a cargo de la plaza, hizo varias salidas rescatando a varios cautivos, tomar indígenas prisioneros y logrando un amplio botín.
Pronto el fuerte tuvo gran cantidad de provisiones, armas y víveres lo que lo hacía un blanco importante, sin embargo varios soldados desertaron por las malas condiciones de vida, pasándose al enemigo y dándoles información vital.
En agosto, Lísperguer supo que una gran masa de indígenas, en su mayoría de Purén y Tucapel, se reunió en las afueras del fuerte al mando de los caciques Pelantaro, Aillavilu II y Paillamachu y el desertor mestizo Juan Sánchez. Sin embargo, Lísperguer continuó con sus salidas, los mapuches se mantuvieron quietos esperando el momento oportuno para el ataque.
En las cercanías de aquel lugar el cacique Pelantaro reunió unos 3.600 guerreros con los que planeaba emboscar a la columna mientras otros miles de mapuches con los demás jefes procederían a atacar el fuerte de Boroa.
El 29 de septiembre Lísperguer salió del fuerte con entre 150 y 293 soldados por el carbón, al entrar en la quebrada la avanzada fue atacada pero prevaleció por el fuego de arcabuces, pero el grueso de la fuerza española llevaba las mechas apagadas, los mapuches se enteraron y atacaron destruyendo las columnas, dividiendo a los españoles en pequeños grupos aislados.
Tras una feroz lucha, los españoles agotados y rodeados por masas compactas de guerreros cayeron uno a uno tras sucesivos ataques desde todas partes Lísperguer animó a sus hombres primero a caballo y luego cuando mataron a su animal combatió a pie hasta que cayó.
La quebrada quedó cubierta de cadáveres, ningún español logró escapar, aparte 10 o 15 fueron capturados para sacrificios o por canje de prisioneros. Fue por el número de muertos la mayor derrota de los españoles en Chile.
Las tropas españolas en el fuerte que quedaron pasaron sin saber de lo sucedido por días pero sospechando al no volver sus compañeros.
Tras varios días el alférez Alonso Gómez que había sido capturado logró escapar y llegar al fuerte, tras esto, los hispanos se tuvieron un largo asedio.
En el fuerte quedaron 94 soldados al mando del capitán Francisco Jil Negrete de 25 años quien mandó a imponer activa vigilancia, retrocedió de las posiciones indefendibles y mantuvo un estricto racionamiento.
Fue capaz de rechazar dos grandes ataques, sin embargo poco a poco sus hombres empezaron a perder la moral.
El gobernador pasó el duro invierno el Concepción, el 9 de octubre se enteró de la rebelión en Tucapel y el día 15 marchó a Purén, lugar que sometió y luego al fuerte de Arauco donde acabó con las fuerzas nativas que se concentraban en sus cercanías, partió a liberar el fuerte de Paucaví arrasando el valle de Cayocupil. Durante su victoria en Purén un soldado de apellido Rivas sobreviviente del desastre de Boroa le llegó con las noticias del desastre, el hombre había sido capturado y había escapado y sobrevivido oculto en la selva, el soldado desconocía lo sucedido con la guarnición del fuerte.
Muchos oficiales aconsejaron a García Ramón volver al norte creyendo nulas las esperanzas de hallar sobrevivientes pero este ordeno marchar con todo el ejército al sur.
El 24 de noviembre el gobernador llegó con un ejército de 2.000 hombres a romper el asedio, las condiciones dentro del fuerte eran terribles, de los sobrevivientes al desastre inicial 42 habían muerto o desertado, de los aún vivos muchos estaban enfermos o heridos.
El día siguiente el gobernador ordenó una investigación oficial de los sucedido, el 26 de ese mes los españoles abandonaron el fuerte y retrocedieron desmoralizados a Tucapel y Paicaví, el gobernador, sus hombres y los colonos perdían así las esperanzas de someter definitivamente la región.
El 19 de diciembre el Cabildo de Santiago se reunió de emergencia por temor a una posible rebelión en el Maule se desarmó a los indígenas pacificados y con el tiempo la calma volvió a la colonia.
Ante tan desastrosa derrota, con sus fuerzas cansadas y muy menguadas y notando la negación de los mapuches a la paz el gobernador ordeno la retirada al norte y el fin de la campaña de ese verano y poco después llegaron unos 500 hombres desde el Perú.
El plan de pacificación de García Ramón fundando fuertes en la Araucanía fue abandonado y se tuvo que volver a la frontera del río Biobío.
La derrota llevaría a incrementar la resistencia de los mapuches y al aumento en financiación y personal para los Tercios de Arauco pero también llevara a que la Real Cédula autorizara en 1608 la esclavitud de todo indio rebelde.
Batalla de Puren - Año Nuevo 1610
Entre 1607 y 1608 durante el verano el gobernador reorganizó sus tropas, cifradas en 2.000 hombres, con 1.000 yanaconas y lanzó una nueva campaña.
Sus tropas se concentraron en el río Biobío sucediéndose enfrentamientos en el río Lebú y en las provincias de Arauco y Millapoa.
En 1608 una Real Cédula autorizó la esclavitud de todos los indios rebeldes, en ese momento las tropas llevaban cerca de cinco años de guerra continua y sin descansos por lo que las deserciones eran masivas muchos de ellos fueron a la Gobernación del Tucumán. La siguiente campaña de verano (1608-1609) fue bastante ambiciosa gracias a que el capitán Pedro Martínez de Zavala,ex-gobernador de Buenos Aires, llegó con los refuerzos encargados, 150 soldados y 1.500 caballos desde el Paraguay y Tucumán en mayo de 1608.
El gobernador llegó a Purén pero en mayo del 1609 retrocedió a Concepción por el inicio del invierno, ese año hubo fuertes inundaciones en todo el reino.
Por su cuenta el coronel Pedro Cortés lanzó un ataque sorpresa contra el campamento del cacique Paillamacu cerca de Tucapel, el jefe mapuche fue capturado y colgado sumariamente con los demás prisioneros.
En la que sería su última campaña en el verano de 1609 y 1610, García Ramón tomó fuertes castigos contra los indígenas, estos escarmientos provocaron una nueva sublevación.
Durante noviembre y diciembre de 1609 el gobernador preparó e inició su campaña en las provincias del sur. El maestre de campo Diego Bravo de Saravia llevó varias correrías militares en la provincia de Tucapel, dirigiendo una fuerza de 350 hombres, pensando en que la larga guerra había debilitado a los nativos el español marchó confiado, inicialmente atacó y persiguió a los mapuches sin que estos ofrecieran gran resistencia, abandonó Tucapel y continuó por la cordillera de la Costa. Sin embargo, a mediados de diciembre en Cuyuncaví fue emboscado por guerreros de Purén, donde no pudo oponer una resistencia organizada, 34 españoles murieron o fueron capturados y más de 60 fueron heridos.
Los mapuches llevaron un gran botín en caballos, municiones y armas, durante su regresó a sus tierras fueron acosados por un destacamento del capitán Pedro de Escobar Ibacache, sin embargo, éste no pudo derrotarlos y volvieron vencedores a sus tierras.
Al saber del desastre el gobernador ordenó que tal afrenta no quedara sin castigo y García Ramón salió con 470 hombres desde Concepción, atravesó la sierra de Catirai y el 26 de diciembre llegó al Valle de Purén, lugar de origen de los guerreros que emboscaron a Bravo. Allí quemó sembradíos y construyó un campamento en el mismo lugar donde Valdivia fundó un fuerte, sin embargo, no encontró resistencia.
El 31 de diciembre, sabiendo que las tribus costeras eran las que ofrecían mayor resistencia, se preparó a atacar los valles vecinos, pero su plan se interrumpió cuando tras levantar su campamento ordenó a su vanguardia explorar los alrededores pero esta fuerza cruzó un arroyo y quedó separada del resto de la tropa española. Un enorme ejército de mapuches salió a su encuentro, eran las fuerzas unidas de los caciques Aillavilu II, Anganamón, Pelantaru y Longoñongo.
El ejército araucano que se dividía en cinco grandes cuerpos cargó sorpresivamente contra la tropa española con un gran ímpetu.
García Ramón intentó salvar a su vanguardia, pero la resistencia mapuche resultó tan feroz que él y el resto de su ejército se hallaron durante un largo tiempo al borde de un desastre militar.
Finalmente los españoles lograron que algunos regimientos indianos rompieran filas por lo que los caciques y sus guerrerosse retiraron sin ser perseguidos.
Los españoles resultaron en su mayoría heridos y tuvieron dos muertos, los mapuches tomaron sus cuerpos y los decapitaron mandando sus cabezas a la costa como mensaje para que las tribus de aquel lugar se alzaran. En tanto que con los yanaconas nunca se mencionaron ni cuantos lucharon ni cuantos murieron en la batalla.
El mensaje de rebelión tuvo éxito, los locales de Lebú se rebelaron creyendo al gobernador muerto y su ejército destruido extendiéndose la rebelión. García Ramón retomó la marcha y sometió Lebú y alrededores.
Luego mandó llamar a los jefes de Tucapel y Arauco a un parlamento, ahí decapitó a 20 asistentes y ahorcó a seis mensajeros. García Ramón volvió a Concepción a inicios de febrero de 1610 para recibir 200 refuerzos enviados desde el Perú, estos fueron apenas suficientes para reemplazar las bajas de la campaña, como los 23 ahogados al hundirse un bote cuando cruzaban el Biobío o el capitán que con sus 12 hombres fueron emboscados y masacrados alrededor del fuerte Nacimiento.
El gobernador volvió al sur de la frontera y el capitán Nuñez de Pineda fundó el fuerte de Francisco de Montes Claros en Angol, al finalizar el verano se dio por finalizada la campaña, que terminaba como las anteriores, con altas perdidas y ningún avance hacia la pacificación.
García Ramón se retiró a Concepción por el invierno y murió el 2 de septiembre de 1610. Durante el gobierno de García Ramón murieron 414 españoles en batalla y más de 600 por enfermedades o habían sido o bien capturados o desertaron con casi ningún avance en la guerra.
Guerra Defensiva.
El sucesor de Alonso García Ramón fue don Luis Merlo de la Fuente, quién organizó una campaña punitiva arrasando todo a su paso, capturando esclavos en Purén. Por esas fechas se implantaría la guerra defensiva en la frontera en la que los misioneros católicos tomarían una importante influencia en las negociaciones, esto fue posible en particular gracias al fracaso político-militar de las campañas de García Ramón.
