El nuevo gobernador, Francisco López de Zúñiga asumió el 22 de mayo de 1639 la gobernación de Chile estando la situación de la guerra en un estado óptimo para los españoles ya que las derrotas sufridas a manos de Lazo de la Vega habían quebrantado la capacidad ofensiva de los mapuches, sumándose a las continuas pestes que afectaron a la población nativa, así que se anhelaba una situación de paz.
López de Zúñiga había sido un notable soldado al servicio de la corona y el rey lo había agasajado con un gobernación en Perú, pero los acontecimientos en Chile le hicieron nombrarlo gobernador, cosa que no gustó a López de Zúñiga. A pesar de esto se abocó a la tarea de reclutar unos 300 soldados y se embarcó con ellos hacía Chile.
En realidad más que un soldado, el gobernador era una persona muy ambiciosa e inteligente, su único anhelo era enriquecerse a como fuera lugar y al asumir la gobernación se dio cuenta que si en el período que gobernaba no tenía la paz con los mapuches, sus planes de fortuna se esfumarían. En Purén, en enero de 1640, Francisco López de Zúñiga logró contactarse con el cacique Lincopichón, hermano del huidizo cacique Butapichón, a quien le dio un gran recibimiento y promesas de paz, todo a la vista de las impresionantes fuerzas españolas, para que no quedara duda que las intenciones de paz no estaban sustentadas en cobardía o debilidad.
Se sumó a favor de López de Zúñiga el hecho de que el Volcán Villarrica hiciera erupción, lo que los mapuches interpretaron como que los dioses estaban enojados con ellos.
El primer parlamento de Quillín - 1641
El 6 de enero de 1641, López de Zúñiga se reunió en las márgenes del río Quillín con varios caciques: Lincopichón, Butapichón, Tinaquepo y otros toquis y los vecinos de Concepción.
En este parlamento se acordó por primera vez el reconocimiento de los mapuches como una entidad soberana de sus tierras, cuya frontera se les restituía hasta el Bío Bío y además se les eximía de la esclavitud y servidumbre, se comprometían a dejarse evangelizar, y a la entrega de cautivos españoles y el establecimiento de comercio; los españoles se comprometían a respetar a los indios en sus tierras, despoblar Angol, excepto el Fuerte de Arauco y el libre tránsito comercial.
Si el Padre Luis de Valdivia hubiera estado presente en ese momento no habría cesado de bendecir a López de Zúñiga, pues ese acto era la consumación de sus deseos.
En Santiago y el resto de Chile, el Pacto de Quillín cayó como un balde de agua fría para los veteranos españoles quienes se sintieron ofendidos en sus logros anteriores, se echaba por tierra sangre española derramada inútilmente, años de servicio y un retroceso en la conquista del territorio mapuche.
Para los indios era una dorada ocasión para recuperarse de los quebrantos sufridos y poder tener tiempo de armarse.
López de Zúñiga aprovechó estos momentos de paz para lucrar en su gobierno, aun a costa del situado real, la corrupción pronto se generalizó a costas de las arcas del rey. En 1643, dio una batida en las comarcas indígenas cordilleranas y capturó a Lincopichón y al renombrado Butapichón y los mantuvo como rehenes de garantía de paz.
Ya para 1644, López de Zúñiga comenzó a implorar al rey su relevo, pues se veían brotes de insurrección entre los mapuches, sumado a la presencia de piratas holandeses en Valdivia.
La amenaza Holandesa - 1643
En mayo de 1643, se presentó en Chiloé una escuadra de cinco navíos Holandeses, comandada por Hendrik Brouwer, quién por orden del Príncipe de Orange, ocupa Valdivia.
Tenía la intención de fortificar el puerto, aliarse con los mapuches rebeldes, armarlos, y hostigar a las fuerzas Españolas de la Capitanía de Chile.
El gobernador, Francisco López de Zúñiga y Meneses, al enterarse, pide ayuda al Virrey del Perú don Pedro de Toledo Y Leiva, enviándole una expedición que sale del Callao el 31 de diciembre de 1644, al mando de su hijo Antonio de Toledo. Llega a Valdivia en febrero de 1645, sin encontrar resistencia debido a que los Holandeses se habían retirado semanas antes. López de Zúñiga resolvió fortificar Valdivia, destinando una guarnición de 700 hombres al mando del maestre de campo don Alonso de Villanueva, en calidad de Gobernador de Valdivia. En 1646, llegó el relevo del gobernador López de Zúñiga, éste era Martín de Mujica y Buitrón. López de Zúñiga dejó el país con una cuantiosa fortuna, producto de los negocios que estableció en Santiago y fue a radicarse al Perú. Dejaba al país con los mapuches ya alzados en rebelión, una situación económica casi en el desfalco y un ejército indisciplinado y relajado.
Como corolario paradójico, López de Zúniga una vez en el Perú multiplicó aún más su fortuna y se enriqueció durante 8 años en ese país antes de fletar 4 navíos que partieron a España en 1656 con toda su familia y su tesoro.
Casi al llegar a Cádiz fueron interceptados por una flotilla inglesa, donde murió junto con la mitad de su familia.
Los ingleses se apropiaron de toda la fortuna, y más tarde devolvieron a España a 5 niños sobrevivientes de la familia del malogrado ex-gobernador.
El segundo parlamento de Quillín - 1647
Martín de Mujica y Buitrón era un soldado de la misma estirpe que Lopéz de Zúñiga, pero a diferencia de su antecesor, honrado, riguroso y honesto.
Lo primero que hizo al asumir en 1646 fue reformar al alicaído ejército que estaba en un estado de indisciplina nunca visto.
Promulgó sanciones y reformas duras para lograr un grado de disciplina, además de ejecutar a algunos soldados para hacerse respetar.
La dirección de la guerra fue encomendada al maestre Campo Francisco de Rebolledo, mientras Martín de Mujica se abocaba al gobierno.
Los mapuches estaban insurrectos pero las acciones no se habían iniciado a causa de una peste de viruelas que mató a mucha población guerrera, así que por algún momento se podía hablar de paz nuevamente con los mapuches. Asistido por los jesuitas, Martín de Mujica decretó un cese de hostilidades por 50 días período en se acercaron muchos caciques a pedir la paz y volvieron a su tierra con muchos presentes.
Además ordenó la libertad de Butapichón y Lincopichón con las correspondientes promesas de paz.
Martín de Mujica se hizo asesorar por un veedor que tenía gran influencia entre los indios,Francisco de la Fuente y Villalobos quien consiguió deponer el sitio que cercaba a Valdivia para continuar la reconstrucción de la ciudad, también se logró la reconstrucción del fuerte de Tucapel.
El 24 de febrero de 1647 se celebró el segundo parlamento de Quillín, con los términos favorables a los mapuches más ampliados que en el primer parlamento. No bien firmados los acuerdos, Martín de Mujica tuvo que ejecutar a algunos caciques que conspiraban su propia muerte apenas se retirara de la reunión, además, una hueste de indios asaltó una columna que iba hacia Valdivia donde mataron a la compañía y robaron todo el ganado que llevaban.
Esto endureció a Martín de Mujica quien ordenó que todo indio mayor de 15 años que tomará las armas fuese muerto en el acto o fuese hecho esclavo.
Por un lado se acariciaba al indio que se evangelizaba y por otro mataba o esclavizaba al rebelde.
Además, se repitieron las pasadas de españoles al bando enemigo.
A pesar de sus esfuerzos la situación no mejoró mucho, logró que se evangelizaran un mayor número de indios, pero las deserciones aumentaron por el lado español. Y los indiosaparentando someterse a lo pactado fingieron la paz, pero subterráneamente se estaba gestando una nueva insurrección.
