Martín de Mujica y Buitrón era un soldado de la misma estirpe que Lopéz de Zúñiga, pero a diferencia de su antecesor, honrado, riguroso y honesto en sus acciones.
Lo primero que hizo al asumir en 1646 fue reformar al alicaído ejército que estaba en un estado de indisciplina nunca visto.
Promulgó sanciones y reformas duras para lograr un grado de disciplina, además de ejecutar a algunos soldados para hacerse respetar.
La dirección de la guerra fue encomendada al maestre Campo Francisco de Rebolledo, mientras Martín de Mujica se abocaba al gobierno. Los mapuches estaban insurrectos pero las acciones no se habían iniciado a causa de una peste de viruelas que mató a mucha población guerrera, así que por algún momento se podía hablar de paz nuevamente con los mapuches. Asistido por los jesuitas, Martín de Mujica decretó un cese de hostilidades por 50 días período en que se acercaron muchos caciques a pedir la paz y volvieron a su tierra con muchos presentes.
Además ordenó la libertad de Butapichón y Lincopichón con las correspondientes promesas de paz.
Martín de Mujica se hizo asesorar por un veedor que tenía gran influencia entre los indios, Francisco de la Fuente y Villalobos. Este consiguió deponer el sitio que cercaba a Valdivia para continuar la reconstrucción de la ciudad, también se logró la reconstrucción del fuerte de Tucapel.
El segundo parlamento de Quillín - 1647
El 24 de febrero de 1647 celebró el segundo parlamento de Quillín, con los términos favorables a los mapuches más ampliados que en el primer parlamento. No bien firmados los acuerdos, Martín de Mujica tuvo que ejecutar a algunos caciques que conspiraban su propia muerte apenas se retirara de la reunión, además, una hueste de indios asaltó una columna que iba a Valdivia donde mataron a la compañía y robaron todo el ganado que llevaban.
Estas acciones endurecieron la postura de Martín de Mujica quien ordenó que todo indio mayor de 15 años que tomará las armas fuese muerto en el acto o fuese hecho esclavo.
Por un lado se acariciaba al indio que se evangelizaba, por otro lado se mataba o se esclavizaba al rebelde y además, se repitieron las pasadas de españoles al bando enemigo.
A pesar de sus esfuerzos, la situación no mejoró mucho, logró que se pudieran evangelizar un mayor número de indios, pero las deserciones aumentaron por el lado español. En el bando contrario, los indios aparentando someterse a lo pactado fingieron la paz, pero subterráneamente se estaba gestando una nueva gran insurrección.
El Terremoto de 1647
El 13 de mayo de 1647, para colmo de males, Santiago fue destruido por un devastador terremoto causando la destrucción de la mayor parte de los edificios, y obras civiles de la ciudad.
Este terremoto está asociado a la figura de Catalina de los Ríos y Lisperguer, la quintrala y nace la leyenda de la imagen del Cristo de la Agonía que a partir de esa fecha, se conoce como el “El Señor de Mayo”.
Este infortunio, ayudó a que el rey, liberara de impuestos a Chile durante seis años. Martín de Mujica, trató de desagravar a la población eliminando algunos cobros y suspendiendo el funcionamiento de la Real Audiencia. Los costos de la reconstrucción, mermaron en forma importante, los recursos destinados a las campañas contra los mapuches en el sur. Después de pasar casi todo el año de 1647 en operaciones contra los mapuches, Martín de Mujica vuelve a Santiago en abril de 1649 dicho año, murió súbitamente en el mismo mes de abril.
